As categorias de base do CR do Flamengo são responsáveis pela formação e aperfeiçoamento dos jovens jogadores que atuam pelo clube. São compostas por equipes que vão do Sub-8 ao Sub-20 e possuem, atualmente, mais de 100 atletas.
A base do Flamengo é internacionalmente reconhecida como um celeiro de craques e uma das melhores academias de formação do mundo. De lá saíram e continuam a sair joias que despontam não apenas no time principal do Flamengo, como também nos principais times do mundo. Dentre os últimos grandes jogadores revelados pela base do Clube destacam-se Paquetá, Reinier e Vinícius Júnior, este último, atacante titular do Real Madrid.
A temporada 2022 foi histórica para a base do Clube, que bateu um recorde de títulos em um único ano. Contando com todas as suas categorias, foram 44 troféus, número bem superior aos 27 títulos conquistados nos anos de 2019 e 2021.
O ano de 2023 também pode ser um temporada de grandes conquistas para as crias do ninho, que terão pela frente os Campeonatos Brasileiros Sub-15 e Sub-17 e as Copas do Brasil Sub-17 e Sub-20, organizados pela CBF e as Copas Rio Sub-15, Sub-16 e Sub-17, organizadas pela FERJ.
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