Os esportes aquáticos sempre tiveram papel de destaque entre as modalidades esportivas do CR Flamengo. Mesmo antes da construção do seu parque aquático, inaugurado na década de 1960, a equipe de natação do Clube já participava de competições, e, em 1968, conquistou o seu primeiro Troféu Brasil. Desde então o clube passou a empilhar títulos e, já na década de 80, conquistava o octacampeonato no Troféu Brasil e no Troféu José Finkel.
A natação rubro-negra revelou grandes nomes da modalidade no Brasil, como Ricardo Prado, Rômulo Arantes e Patrícia Amorim. Passaram também pela equipe os nadadores multicampeões e medalhistas olímpicos Fernando Scherer e César Cielo, além de Henrique Barbosa e Nicholas Santos.
Mas nenhum outro nadador fez tanto pela modalidade no país e pela história da natação do CR Flamengo como a lendária Maria Emma Hulga Lenk Zigler, a maior nadadora brasileira de todos os tempos. Maria Lenk, que era filha de imigrantes alemães e foi a única mulher brasileira no Swimming Hall of Fame em Fort Lauderdale, na Flórida e a primeira nadadora brasileira a estabelecer um recorde mundial. A atleta conquistou diversos títulos pelo Flamengo, foi uma das pioneiras no nado borboleta moderno e a primeira mulher a executá-lo nos Jogos Olímpicos em 1932. Em 1939, ela havia batido os recordes mundiais dos 200 e 400m peito, tornando-se a única nadadora sul-americana recordista mundial. Nadou até o fim de sua vida, aos 92 anos, como atleta master do Flamengo.
Equipe atual
Após a excelente temporada de 2022, o CR Flamengo, que possui na sua equipe atletas como Larissa Oliveira, Pâmela Alencar, Felipe Messias e Stephan Steverink, anunciou a contratação das nadadoras Gabrielle Assis, Rafaela Sumida e Luiza Lima e dos nadadores Guilherme Caribé, Felipe Gonçalves, Pedro Henrique Buch e Murilo Sartori. Todos serão comandados pelo treinador Carlos Matheus, contratado pelo Clube em novembro de 2022.
