A equipe de futebol feminino do CR do Flamengo foi criada no ano de 1995 e se manteve até o ano de 2001, quando deixou de participar de competições profissionais. Somente em 2011 o Clube recriou o time feminino, que depois de quatro anos sem atividades, voltou a funcionar, em 2015, por meio de uma parceria realizada entre o Clube, na gestão Eduardo Bandeira de Mello, e o CEFAN – Centro de Educação Física Almirante Adalberto Nunes, da Marinha do Brasil.
Em razão da parceria mantida entre o Clube e a Marinha, a equipe feminina realiza os seus treinamentos no CEFAN e utiliza o distintivo naval no centro das camisas que compõe o uniforme.
Desde a sua reativação, o time feminino do Flamengo conquistou o título do Campeonato Brasileiro de 2016, os Campeonatos Cariocas de 2015, 2016, 2017, 2018, 2019 e 2021 e a Taça Guanabara de 2020.
Para a atual temporada de 2023, a já forte equipe feminina montada no ano de 2022 ficou ainda mais qualificada com a contratação da atleta de 23 anos Thais Regina, com passagens pela seleção brasileira e eleita a melhor zagueira do Campeonato Paulista de 2022, da meio campista Thuany Siridakis da Silva, de 22 anos e das jogadoras Nath Pitbull, Karol Alves e Louvain.
Com essas contratações, o elenco do time de futebol feminino treinado pelo técnico português Luis Andrade está formado pelas goleiras Bárbara (1), Karol Alves e Kelly Chiavarro (20); pelas zagueiras Cida (4), Daiane (3), Lorena, Thais Regina e Núbia (14); pelas laterais direitas Monalisa (2) e Rayanne (94); pelas laterais esquerdas Gisseli (6) e Jucinara (81); as volantes Cris (8), Kaylane (5), Kaylane Jr (28), Nath Pitbull e Thaísa (17); as meio-campistas Darlene (7), Duda (10), Leidiane (11), Louvain e Tuca; e as atacantes Crivelari, Duda Rodrigues, Gica (21), Isadora (16) e Sole Jaimes (99).
