Atualmente, o CR Flamengo mantém as equipes de Judô e Karatê como representantes da modalidade de artes marciais do Clube, tendo sido o Judô a primeira a ser praticada na Gávea, em 1954. Desde a sua introdução, a equipe rubro-negra conquistou inúmeros títulos e revelou grandes atletas como o medalhista de ouro olímpico de 1988 e campeão mundial Aurélio Miguel e diversos outros judocas multicampeões como Henrique Guimarães, Walter Carmona, Luis Yoshio Onmura, Verlei Teles Ferreira e Ricardo Sampaio.
Na equipe de judô do Clube, que é comandada pela treinadora campeã Rosicleia Campos, destacam-se a bicampeã mundial Rafaela Silva e as judocas Duda Diniz, Daniele Karla, Eliza Ramos e Giovanna Santos. Pela equipe masculina destacam-se os judocas Cleyanderson Leão, Kauan Jorge, Walter Matheus e Daniel Nazaré.
A segunda modalidade de artes marciais mantida pelo CR Flamengo é o Karatê, e sua introdução no Clube se deu somente em fevereiro de 2021, sob a gestão de Guilherme Kroll, Vice-Presidente de Esportes Olímpicos.
A equipe de Karatê, que é comandada pelo experiente treinador Maurício Santiago, é composta pelos atletas Felipe Medeiros, Renan Oliveira, Juliana Oliveira, Marina Oliva e Isabela Santos.
E não podia ter começado melhor, já que o Clube se destacou logo na sua primeira competição oficial, o Campeonato Brasileiro Interclubes de Karatê, disputado, em setembro de 2021, no centro de treinamento da Confederação Brasileira de Karatê, em Fortaleza. A atleta Isabela Santos conquistou nada menos que a medalha de ouro na categoria peso-pesado, sagrando-se campeã na primeira competição pela equipe de Karatê do Flamengo.
