Além do Presidente e do Vice-Presidente eleitos trienalmente em votação realizada entre os associados, a estrutura organizacional do Flamengo é dividida em poderes, que permitem o funcionamento administrativo do Clube atuando de forma autônoma entre si e em estrita observância às regras previstas no seu Estatuto Social e na legislação vigente.
Os Poderes do Clube são:
- a Assembleia Geral, que é constituída por todos os associados, com exceção dos atletas e honorários. Tem como Presidente o associado Carlos Henrique Fernandes dos Santos, como Vice-Presidente o associado Gustavo Gomes Fernandes e como Secretário o associado Eduardo Vinicius Fernandes de Souza;
- o Conselho Deliberativo, que é constituído de membros natos, que compõe o seu corpo permanente, e de membros eleitos, que constituem o seu corpo transitório. Tem como Presidente o associado Antonio Alcides Pinheiro da Silva Freire, como Vice-Presidente o associado Fabio Domingos da Costa e como Secretários os associados Paulo Cezar da Costa Mattos Ribeiro e Breno Garbois Fernandes Ribeiro;
- o Conselho de Administração, que é constituído de um corpo permanente formado por presidentes de poderes em exercício, ex-presidentes de poderes que tenham exercido ao menos dois terços dos respectivos mandatos e dos associados grandes-beneméritos, e de um corpo transitório, constituído de, no mínimo, quarenta e oito membros efetivos e vinte e quatro membros suplentes, eleitos dentre os associados das categorias Benemérito, Emérito, Laureado, Remido, Proprietário, Patrimonial, Contribuinte e Contribuinte Off-Rio, sendo cinquenta por cento de proprietários e cinquenta por cento das demais categorias. Tem como Presidente o associado Luiz Eduardo Baptista Pinto da Rocha, como Vice-Presidente o associado Theophilo Antonio Miguel Filho e como Secretário o associado Eduardo Bezerra de Menezes Carreirão da Silva;
- o Conselho de Grandes-Beneméritos, que é constituído pelos portadores da benemerência, e tem como Presidente o associado Túlio Cristiano Machado Rodrigues, como Vice-Presidente o associado Marcelo Antero de Carvalho e como Secretário o associado Sidney Marcello;
- o Conselho Fiscal, que é constituído de, no mínimo, cinco membros efetivos e suplentes e dos quatro primeiros associados que figurarem na chapa segunda colocada das eleições do Clube. Tem como Presidente o associado Sebastião Pedrazzi, como Vice-Presidente o associado José Pires da Costa Filho e como Secretário o associado Francisco Carlos dos Santos Gularte;
- o Conselho Diretor, que é constituído pelo Presidente e Vice-Presidente geral do Flamengo e por todos os vice-presidentes nomeados. Tem na sua composição atual os seguintes associados: Presidente – Luiz Rodolfo Landim Machado, Vice-Presidente Geral e Jurídico – Rodrigo Villaça Dunshee de Abranches, Vice-Presidente de Administração – Ricardo Campelo Trevia de Almeida, Vice-Presidente de Comunicação e Marketing – Gustavo Carvalho de Oliveira, Vice-Presidente de Consulados e Embaixadas – Maurício Gomes de Mattos, Vice-Presidente de Departamento de Futebol de Base – Vitor Zanelli Bastos Albuquerque, Vice-Presidente de Esportes Olímpicos – Guilherme de Lima Kroll, Vice-Presidente de Finanças – Rodrigo Tostes Solon de Pontes, Vice-Presidente do Fla-Gávea – Getúlio Brasil Nunes, Vice-Presidente de Futebol – Marcos Teixeira Braz, Vice-Presidente de Gabinete da Presidência – Marcelo Conti Baltazar, Vice-Presidente de Patrimônio – Artur Rocha Neto, Vice-Presidente de Patrimônio Histórico – Luis Fernando Fadigas de Almeida, Vice-Presidente de Planejamento – Bernardo Amaral do Amaral, Vice-Presidente de Relações Externas – Adalberto Ribeiro da Silva Neto, Vice-Presidente de Remo – Raul Bagattini, Vice-Presidente de Responsabilidade Social e Ambiental – Ricardo Campelo Trevia de Almeida, Vice-Presidente de Secretaria – Paulo Cesar dos Santos Pereira Filho e Vice-Presidente de Tecnologia da Informação – Alexandre de Souza Pinto.
