O polo aquático é o segundo esporte mais antigo na história do CR Flamengo, tendo estreado oficialmente no ano de 1913, em um campeonato organizado pela Federação Brasileira das Sociedades do Remo. Desde então, o Clube tornou-se referência do esporte no Brasil.
Além de ter disputado e vencido diversos torneios já na década de 1930, obteve títulos estaduais entre 1985 e 1994 e sagrou-se tricampeão brasileiro e campeão sul-americano de 1993. No ano de 2004, a equipe de Polo rubro-negra foi líder do ranking brasileiro masculino e feminino.
Em 2010 e 2015 o Clube venceu o Campeonato Brasileiro Absoluto Feminino conquistando o Troféu Olga Pinciroli e, em 2016, sagrou-se, mais uma vez, Campeão Brasileiro Absoluto Feminino, vencendo o Brasil Open de Polo, competição homologada pela nova Liga Polo Aquático Brasil. Conquistou também os títulos do Estadual de Polo Aquático Sub-20 e Sub-15 de 2018. Em 2019, o time feminino conquistou a prata na Liga PAB Feminina de Polo Aquático. Em 2020, o Clube conquistou a prata no masculino e o bronze no feminino na disputa do Campeonato Brasileiro Interclubes Sub-20.
Equipe atual
A equipe masculina principal do PoloFla conta com nomes como Alexandre Mendes, Logan Wolverine, Cesar, Henrique, Bernardo Gomes, Heitor Carrulo e Guilherme Gomes e a feminina conta com nomes como Samantha Rezende, Jeniffer Kathlen e Rebecca Moreira.
Face aos resultados expressivos obtidos pela equipe de Polo do Clube, os atletas Alexandre Mendes, Logan Wolverine, Samantha Rezende, Jeniffer Kathlen e Rebecca Moreira foram convocados para defender a Seleção Brasileira no Mundial de Esportes Aquáticos de 2022, na Hungria.